5. Universitas Atma Jaya
Universitas ini masuk dalam daftar kelima kampus terbaik di Yogyakarta dan juga berada di beberapa kota besar lainnya. Kampus ini dibangun pada 27 September 1965 dan masuk dalam urutan 28 kampus terbaik di Indonesia berdasarkan Webometrics.
Kampus ini sudah mendapatkan penilaian akreditasi dari BAN PT dengan 7 program studi S1 dan S2. Serta 7 kelas sarjana internasional yang merupakan penggabungan program belajar dan negeri dan luar negeri.
6. Universitas Ahmad Dahlan
Kampus ini menempati urutan 31 kampus terbaik di Indonesia berdasarkan data dari Webometrics dengan akreditasi A BAN PT.
Dibangun pada 18 November 1960, Universitas Ahmad Dahlan merupakan pengembangan dari IKIP Yogyakarta.
Untuk biaya sendiri tergantung jurusan yang dipilih, namun karena swasta, maka mahasiswa akan dibebankan uang pangkal atau uang gedung saat pertama masuk.
Memiliki 36 Program studi S1, 13 Program Studi Magister, 1 Program Doktor, vokasi dan D3. 4 Program Profesi.
***