Jayapura menduduki posisi pertama untuk kota sepi penduduknya dengan jumlah 303.760 jiwa dengan luas 940 km². Jika dibagi, maka kepadatan penduduk Jayapura hanya 323 jiwa/km².
2. Gunung Sitoli
Gunung Sitoli yang berada di Pulau Nias, pulau kecil di dekat Pulau Sumatra ini adalah urutan ke-2 kota sepi di Indonesia.
Luas wilayah Gunung Sitoli ini adalah 469 km² dan dihuni sebanyak 136.017 jiwa dengan kepadatan penduduknya berada pada angka 290 jiwa/km².
3. Sabang
Sabang yang berlokasi di Aceh dengan luas wilayah 153 km² dengan jumlah penduduk 40.040 jiwa yang tercatat menghuni kota paling ujung di Indonesia tersebut.
Sementara itu untuk kepadatan penduduk di Sabang relatif kecil dengan jumlah 261 jiwa/km².