Selain itu, konon katanya ada relief yang tersembunyi yang terdapat di bagian bawah pondasi Candi Borobudur.
Berdasarkan keterangan para ahli, relief yang tersembunyi itu adalah relief Kamadhatu. Relief ini terdiri dari 160 relief Sutra Karmawibhangga yang artinya hukum sebab akibat.
Selain itu, bangunan Candi Borobudur dianggap sebagai jam raksasa dan sebagai penunjuk arah yang tepat.
Stupa yang terdapat di puncak atau stupa yang terbesar digunakan sebagai penanda jam karena ketika stupa ini terkena sinar matahari, maka akan menimbulkan bayangan.
Candi Borobudur merupakan pusat peribadatan agama Buddha dan saat ini bisa dipakai untuk kegiatan keagamaan agama Buddha dan Hindu.
Hal ini tertuang dalam nota kesepakatan pemanfaatan Candi Borobudur untuk kepentingan agama umat Hindu dan umat Buddha di Indonesia, bahkan dunia.
Nota ini ditandatangani oleh Gubernur DIY Yogyakarta Sri Sultan Hamengkubuwono X di Kantor Gubernur DIY pada tahun 2022 yang dihadiri oleh perwakilan Kemenag, dan perwakilan Kemenparekraf.